Le attività del Sistema di informazione per la sicurezza sono sottoposte a una serie di verifiche da parte di organismi di controllo per garantire che tutto avvenga nel rispetto della Costituzione e delle leggi, nell’esclusivo interesse e per la difesa della Repubblica e delle sue istituzioni.

Il controllo parlamentare è esercitato dal  Comitato parlamentare per la sicurezza della Repubblica (COPASIR).

Il controllo di legittimità sugli atti del Sistema e quello amministrativo-contabile sulle procedure afferenti il suo bilancio autonomo, con riferimento esclusivo alle spese ordinarie, sono svolti rispettivamente dalla Corte dei Conti e dall’Ufficio di Bilancio e Ragioneria della Presidenza del Consiglio dei ministri, tramite loro uffici distaccati presso il DIS. I componenti sono tenuti al rispetto del segreto e sono designati rispettivamente dal Presidente della Corte dei Conti e dal Presidente del Consiglio dei ministri.

• All’Ufficio della Corte dei Conti distaccato presso il DIS spettano il controllo di legittimità e regolarità della gestione riferito al bilancio consuntivo delle spese ordinarie di DIS, AISE e AISI; il controllo preventivo di legittimità sugli atti adottati da DIS, AISE e AISI; la redazione di una relazione sul bilancio consuntivo, da trasmettere al COPASIR, insieme alla relazione dell’organo di controllo interno del DIS. Le modalità di svolgimento delle attività di controllo sono definite da decreto del Presidente della Corte dei Conti.
• All’ufficio distaccato presso il DIS dell’Ufficio Bilancio e Ragioneria della Presidenza del Consiglio dei Ministri compete il controllo preventivo degli atti di gestione concernenti le spese ordinarie di DIS, AISE e AISI.

Il controllo amministrativo e gestionale sugli atti del Sistema è esercitato dall’Ufficio ispettivo del DIS e dall’Organo di Controllo Interno del DIS.

• L’Ufficio Ispettivo è una struttura del Dipartimento delle informazioni per la sicurezza a cui è affidato il compito di verificare – attraverso ispettori cui è garantita piena autonomia e indipendenza di giudizio nell'esercizio delle funzioni di controllo – che le attività condotte dall’Agenzia informazioni e sicurezza esterna (AISE) e dall’Agenzia informazioni e sicurezza interna (AISI) siano conformi alle leggi e ai regolamenti, nonché alle direttive e alle disposizioni del Presidente del Consiglio dei ministri.

  L'Ufficio ispettivo può svolgere, anche a richiesta del Direttore generale del DIS, autorizzato dal Presidente del Consiglio dei ministri, inchieste interne su specifici episodi e comportamenti verificatisi nell'ambito dei servizi di informazione per la sicurezza.

• L’organo di Controllo Interno del DIS ha competenze in materia di pianificazione e controllo di gestione. Redige, inoltre, la relazione annuale alla Corte dei Conti sul bilancio consuntivo unico delle spese ordinarie, atto prodromico e funzionale per il successivo controllo di regolarità effettuato dai magistrati contabili.

Funzioni di controllo sono svolte anche dall’Ufficio Centrale per gli Archivi del DIS, al quale spetta la vigilanza sulla sicurezza, sulla tenuta e sulla corretta gestione degli archivi di DIS, AISE e AISI. A esso sono inoltre attribuite la gestione dell’Archivio Centrale del DIS; l’attuazione delle disposizioni sul funzionamento e sull’accesso agli archivi di DIS, AISE e AISI; la conservazione, nell’archivio storico del DIS, della documentazione relativa alle attività e ai bilanci di AISE e AISI e della documentazione concernente le garanzie funzionali e le relative procedure di autorizzazione.