Le garanzie funzionali, introdotte dalla legge 124/2007, esonerano da responsabilità penale gli agenti dell’AISE e dell’AISI  che, nello svolgimento di operazioni per scopi istituzionali, devono compiere azioni configurabili come reato.

Le garanzie funzionali si applicano anche nei confronti dei non appartenenti ai Servizi quando la loro attività sia indispensabile e avvenga in concorso con il personale delle Agenzie.

Tali condotte devono essere autorizzate dal Presidente del Consiglio o dall’Autorità delegata e le garanzie funzionali operano soltanto in presenza di determinate condizioni previste dalla legge in modo da bilanciare le esigenze di tutela dell’intelligence con quelle della salvaguardia dei diritti fondamentali dei cittadini.

Gli agenti di AISE e AISI non sono responsabili penalmente a condizione che la loro condotta:

• sia indispensabile e proporzionata al conseguimento degli obiettivi dell’operazione, non perseguibili in altra maniera 

• sia frutto di una comparazione degli interessi pubblici e privati coinvolti 

• rechi il minor danno possibile agli interessi lesi 

• non configuri delitti diretti a mettere in pericolo o ledere la vita, l’integrità fisica, la personalità individuale, la libertà personale, la libertà morale, la salute o l’incolumità di una o più persone, o delitti contro l'amministrazione della giustizia, o reati contro organi costituzionali o contro le assemblee regionali, contro i diritti politici del cittadino nonché altri delitti espressamente previsti dalla legge 

• non sia effettuata nelle sedi di partiti politici rappresentati in Parlamento o in un'assemblea o consiglio regionale, nelle sedi di organizzazioni sindacali o nei confronti di giornalisti professionisti iscritti all'albo

Le garanzie funzionali possono essere opposte all’Autorità giudiziaria nel corso di indagini preliminari, dell’udienza preliminare, del giudizio o al momento dell’arresto in flagranza di un appartenente a una delle due Agenzie.  La legge prevede che l’Autorità giudiziaria chieda conferma dell’esistenza dell’autorizzazione al Presidente del Consiglio o, nel caso di arresto in flagranza, al Direttore generale del DIS.

Il Presidente del Consiglio può confermare l’esistenza dell’autorizzazione oppure informare l’Autorità giudiziaria che la condotta prevista dalla legge come reato non è stata autorizzata o ha superato i limiti dell’autorizzazione.

Il Comitato parlamentare per la sicurezza della Repubblica (COPASIR) viene informato delle operazioni nelle quali si è fatto ricorso alle garanzie funzionali.