L’attività di controllo amministrativo e gestionale sugli atti del Sistema è esercitata dall'Ufficio centrale ispettivo del DIS e dall'organo di controllo interno presso il DIS.

L’Ufficio centrale ispettivo, attraverso un corpo di ispettori, ha il compito di verificare che le attività condotte dall’AISE e dall’AISI siano conformi alla legge, ai regolamenti e alle direttive del Presidente del Consiglio dei ministri.

Agli ispettori è garantita piena autonomia e indipendenza di giudizio nell’esercizio delle proprie funzioni.

Su autorizzazione del Presidente del Consiglio o dell’Autorità delegata, gli ispettori svolgono inchieste interne su specifici episodi o comportamenti verificatisi nell'ambito dell'AISE o dell'AISI.

L'organo di controllo interno del DIS svolge una funzione di controllo dinamico sull'andamento delle spese di DIS, AISE e AISI nel corso dell'esercizio finanziario.

Funzioni di controllo sono svolte anche dall’Ufficio centrale per gli archivi istituito nel DIS, al quale spetta la vigilanza sulla sicurezza, sulla tenuta e sulla corretta gestione degli archivi di DIS, AISE e AISI.

All’Ufficio centrale per gli archivi sono inoltre attribuite:

• la gestione del'archivio centrale del DIS
• l'attuazione delle disposizioni sul funzionamento e sull'accesso agli archivi di DIS, AISE e AISI
• la conservazione, nell'archivio storico del DIS, della documentazione relativa alle attività e ai bilanci di AISE e AISI, nonché della documentazione concernente le garanzie funzionali e le relative procedure di autorizzazione