Le attività del Sistema di informazione per la sicurezza sono sottoposte a una serie di verifiche da parte di organismi di controllo per garantire che tutto avvenga nel rispetto della Costituzione, delle leggi, nell'esclusivo interesse e per la difesa della Repubblica e delle sue istituzioni.

Il controllo parlamentare sull'attività del settore è esercitata dal Parlamento tramite il Comitato parlamentare per la sicurezza della Repubblica (COPASIR).

Il controllo di legittimità sugli atti del Sistema è svolto dalla Corte dei conti e dall'Ufficio bilancio e ragioneria della Presidenza del Consiglio dei ministri tramite i loro uffici distaccati al DIS.

Il controllo amministrativo e gestionale sugli atti del Sistema è esercitato dall'Ufficio ispettivo del DIS e dall'organo di controllo interno presso il DIS.